Podstawowym obiektem jej działalności jest ekosystem leśny, co oznacza, że cele ochronne odnoszą się nie tylko do drzewostanu,  lecz także do biotopu i całej biocenozy, a więc do wszystkich elementów składowych lasu (IOL, Tom I, Warszawa 2012).

Główne zadania z ochrony lasu w naszym nadleśnictwie  to ochrona osłabionych, przerzedzonych drzewostanów „pohuraganowych" przed szkodami od szkodników wtórnych oraz ochrona odnowionych powierzchni przed szkodami od zwierzyny.

Planowanie zabiegów ochronnych w nadleśnictwie odbywa się w oparciu o prognozy opracowane przez Zespół Ochrony Lasu w Olsztynie na podstawie wyników prac prognostycznych prowadzonych przez nadleśnictwo zgodnie z Instrukcją Ochrony Lasu.

I.  Ochrona lasu przed szkodami od czynników biotycznych

1.  Szkodniki glebowe

Ograniczaniu szkód powodowanych przez pędraki służą działania zmierzające do wzbogacenia naturalnej odporności obszarów upraw i szkółek poprzez ochronę naturalnych wrogów np.  ptaków owadożernych i nietoperzy.  Decyzje dotyczące postępowania na gruntach narażonych na szkody podejmowane są na podstawie wyników kontroli oraz wytycznych opracowanych przez ZOL.

2.   Szkodniki pierwotne

W ostatnich latach na terenie naszych lasów nie  stwierdzono gradacyjnego występowania szkodników pierwotnych takich jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki czy zawodnica świerkowa. Prognozowanie zagrożenia prowadzone jest poprzez:

- jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny,

- obserwacja lotu i liczenie samic brudnicy mniszki metodą transektu.

Ważnym zadaniem jest ochrona upraw przed ryjkowcami, szczególnie przed szeliniakiem sosnowcem. Ochrona przed tym szkodnikiem prowadzona jest na terenie naszego Nadleśnictwa różnymi metodami:

- mechanicznymi takimi jak okopanie uprawy rowkiem izolacyjnym, wykopanie na uprawie dołków chwytnych, do których dodatkowo wkładane są środki wabiące np. wiązki gałązek sosnowych, krążki odcięte z wałków sosnowych itp.,

- przy pomocy pułapek klasycznych np. wspomniane wyżej wiązki gałązek sosnowych zwane przez leśników wiązkami cetyny wykładane bezpośrednio na powierzchni uprawy,

- chemicznie – w niektórych skrajnych przypadkach, kiedy metody mechaniczne i biologiczne nie dają rezultatu trzeba opryskać uprawę roztworem insektycydu. Należy tutaj dodać, że w Lasach Państwowych środki ochrony roślin stosowane są bardzo ostrożnie a używa się tylko takich, które dopuszczone są do stosowania w danym roku przez Instytut Badawczy Leśnictwa.

3.   Szkodniki wtórne

Głównymi gatunkami szkodników wtórnych stanowiącymi zagrożenie w Nadleśnictwie Drygały są: przypłaszczek granatek, korniki (głównie drukarz) i cetyńce. Zwalczanie szkodników wtórnych prowadzone jest przede wszystkim poprzez wyszukiwanie i terminowe usuwanie z lasu drzew zasiedlonych i niszczenie resztek poeksploatacyjnych powstałych przy ich pozyskaniu, odławianie w pułapki feromonowe, terminowe wywożenie z lasu pozyskanego drewna a w przypadku jego przelegiwania – korowanie. W ostatnich latach nie stwierdzono większego zagrożenia od szkodników wtórnych.

W uprawach i młodnikach iglastych pewne zagrożenie stwarza smolik znaczony, ograniczenie jego liczebności polega na terminowym usuwaniu i niszczeniu zasiedlonych drzewek.

Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. W celu poprawy ich warunków bytowania wywieszane są w lasach budki lęgowe, które następnie po okresie lęgowym są corocznie czyszczone, konserwowane. W okresie trudnych warunków zimowych stosujemy również dokarmianie ptaków.

4.   Ochrona przed grzybami

Wśród bardzo wielu gatunków grzybów występujących  w naszych lasach znajdują się również takie, które stanowią zagrożenie dla rosnących tam drzew. Dotyczy to szczególnie lasu, który powstał w wyniku zalesienia gruntów porolnych gdzie dużym zagrożeniem jest opieńka miodowa oraz korzeniowiec wieloletni. W celu ograniczenia szkód wyrządzanych przez te patogeniczne grzyby stosowane są metody:

- biologiczne polegające na zainfekowaniu pniaków powstałych po wycięciu drzew w ramach zabiegów pielęgnacyjnych preparatem zawierającym grzybnię grzyba Phlebia gigantea, który rozmnażając się nie dopuszcza do rozwoju na tych pniaków grzybów pasożytniczych,

- mechaniczne - wyrywanie i niszczenie porażonych drzewek w uprawach leśnych i młodnikach.

5.  Ochrona drzewostanów przed szkodami od zwierzyny

Sprawcami uszkodzeń drzewostanów są: łoś, jeleń, sarna, dzik, zając oraz bóbr. W ostatnich latach w znacznym stopniu wzrosły szkody powodowane przez łosie.

 W celu minimalizacji szkód prowadzone jest  zabezpieczanie upraw i młodników poprzez:

- grodzenie cennych fragmentów upraw siatką lub przęsłami drewnianymi,

- zabezpieczanie chemiczne repelentami,

- zabezpieczanie mechaniczne (palikowanie, osłonki),

- wykładanie drzew zgryzowych.

Ponadto ograniczanie szkód uzyskuje się poprzez poprawianie warunków bytowych zwierzyny (zakładanie pasów zaporowych i miejsc stałego dokarmiania, zakładanie poletek zgryzowych i żerowych, zagospodarowanie łąk śródleśnych, zakładanie sadów) oraz regulację jej stanu liczbowego zarówno w OHZ jak i na terenie obwodów dzierżawionych przez koła łowieckie.

II.   Ochrona lasu przed szkodami abiotycznymi oraz związanymi z działalnością człowieka  

 Największe szkody od czynników abiotycznych wywoływane są przez silne, huraganowe wiatry. Huragan z dn. 04.07.2002 r. uszkodził drzewostany na obszarze około 7 tys. ha. W ramach uprzątania jego skutków pozyskano 485,6 tys. m³ drewna oraz wycięto 1066,58 ha zrębów sanitarnych, z czego odnowiono 1000,38 ha a 66,20 ha pozostawiono do sukcesji naturalnej. Największe szkody zaewidencjonowano na terenie obecnych 6 leśnictw: Falencin, Ruda, Orzysz, Wierzbiny, Strzelniki, Biała Góra.

Ponadto drzewostany narażone są na szkody od okiści, zakłócenia stosunków wodnych, suszy, wiosennych przymrozków.

Szkody antropogeniczne (pożary, zaśmiecanie lasu) związane są przede wszystkim z lokalizacją na terenie Nadleśnictwa Drygały poligonu wojskowego, penetracją obszarów leśnych przez zbieraczy runa leśnego oraz ruch turystyczny.