Program ten wdrażany jest przez wszystkie państwa członkowskie Unii Europejskiej. Jest to narzędzie zrównoważonego rozwoju, minimalizujące zagrożenia jakie niesie ze sobą postęp cywilizacji, wiążący się z intensywnym przekształcaniem ekosystemów. W ramach Sieci Natura 2000 objęte są ochroną elementy przyrodnicze  Europy zagrożone wyginięciem,  ale także charakterystyczne dla danego regionu  i przez to niezbędne  dla zachowania bioróżnorodności. Cechą charakterystyczną ochrony w ramach Sieci jest ochrona wybranych siedlisk czy gatunków a nie całego wyznaczonego obszaru.  

Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000 obejmuje:

- obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO),

- specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO),

- obszary mające znaczenie dla Wspólnoty (projektowane specjalne obszary ochrony siedlisk).

Podstawą prawną tworzenia sieci Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000  są dyrektywy Unii Europejskiej:  Dyrektywa Rady z dnia 2 kwietnia 1979r. w sprawie ochrony dzikich ptaków tzw. Dyrektywa Ptasia oraz Dyrektywa Rady z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej flory i fauny tzw. Dyrektywa Siedliskowa. W prawodawstwie krajowy zapisy w/w Dyrektyw zostały ujęte w Ustawie o ochronie przyrody z dnia 16 kwietnia 2004 r.

Wyznaczenie obszaru specjalnej ochrony ptaków lub specjalnego obszaru ochrony siedlisk, następuje w drodze rozporządzenia ministra właściwego do spraw środowiska, które określa nazwę, położenie administracyjne, obszar i mapę obszaru, cel i przedmiot ochrony. Minister właściwy do spraw środowiska, wydając rozporządzenie, kieruje się stanem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt oraz koniecznością zachowania szczególnie cennych lub zagrożonych składników różnorodności biologicznej.

Nadzór nad obszarem Natura 2000, sprawuje właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska (Art. 27a Ustawy o ochronie przyrody).

Na ternie Nadleśnictwa Drygały zostały wyznaczone w ramach Europejskiej Sieć Ekologicznej Natura 2000 dwa obszary specjalnej ochrony ptaków:

-  PLB280014 „Ostoja Poligon Orzysz" o powierzchni 21208 ha, w tym: 18920 ha na gruntach Nadleśnictwa,

- PLB280008 „Puszcza Piska" - o powierzchni 169101ha,  w tym 11,23 ha na gruntach Nadleśnictwa

oraz jeden specjalny obszar ochrony siedlisk – PLH280056 "Murawy na Poligonie Orzysz" o powierzchni 1300,72 ha w całości położony na gruntach Nadleśnictwa.

OSO „Ostoja Poligon Orzysz" obejmuje swym zasięgiem zdecydowaną większość gruntów obrębu leśnego Grądówka. W centralnej części ostoi znajduje się czynny poligon wojskowy z rozległymi terenami otwartymi wrzosowisk i muraw napiaskowych. Gatunkami chronionymi, kwalifikującymi ten obszar są cietrzew, żuraw i derkacz. W wyniku ostatniej inwentaryzacji przeprowadzonej w latach 2010-2011 przez BULi GL w Olsztynie na zlecenie RDOŚ w Olsztynie ochroną objęto także zielonkę i lelka. Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Olsztynie zarządzeniem z dnia 31 grudnia 2014 r. ustanowił Plan zadań ochronnych dla tego obszaru.

OSO „Puszcza Piska" obejmuje rozległy kompleks lasów Puszczy Piskiej. W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Drygały znajduje się niewielki fragment tej ostoi o powierzchni 191ha. Przedmiotem ochrony obszaru jest 6 gatunków ptaków i ich siedliska. Są to: bielik, orlik krzykliwy, cietrzew, rybitwa rzeczna, puchacz i włochatka.

SOO „Murawy na Poligonie Orzysz" położony jest na terenie czynnego poligonu wojskowego i jest częścią OSO „Ostoja Poligon Orzysz". Obszar ten został utworzony dla zachowania siedlisk przyrodniczych: ciepłolubne śródlądowe murawy napiaskowe (6120), suche wrzosowiska (4030), wydmy śródlądowe z murawami szczotlichowymi (2330). Na terenie obszaru występują stanowiska sasanki otwartej Pulsatilla patens.